La Provincia de Santo Domingo de los Tsáchilas, desde mediados de la década de 1970, se ha caracterizado por presentar un incremento permanente del índice poblacional, esta particularidad se acentuó con el transcurso de los años incidiendo de manera directa en el acceso a los servicios públicos, que con el pasar del tiempo fueron insuficientes para cubrir la demanda de la población.
El sector de la salud, fue uno de los más comprometidos durante el proceso de expansión de la ciudad, para el año 2010 la tasa de ocupación del Hospital Gustavo Domínguez era excesivamente alta, sobre todo cuando la demanda de los servicios asistenciales sobrepasaba la capacidad instalada de aquel entonces.
Mediante resolución Nro. 000000191 con fecha 18 de octubre de 2011, el Ministro de Salud Publica Dr. David Chiriboga Allnutt, declaró de utilidad pública de ocupación inmediata a favor del Ministerio de Salud Pública, a la Ex Clínica Santiago, esta resolución es elevada a escritura pública el 21 de noviembre del mismo año.
En el año 2012, la Dirección Provincial de Salud emite la autorización para que el Área de Consulta Externa del Hospital Gustavo Domínguez funcione en las instalaciones de la Ex Clínica Santiago, como parte del Plan de Contingencia para garantizar la continuidad del servicio ocasionado por las obras de ampliación de su infraestructura; en octubre se ese mismo año la Dra. Kathia Tinizaray Mera, Directora Provincial de Salud de Santo Domingo de los Tsáchilas, solicita la elaboración del Acuerdo Ministerial para la creación del Hospital General Santo Domingo, sustentando su pedido mediante los informes técnico y jurídico correspondientes.
Mediante Acuerdo Ministerial Nro. 00002924 del 8 de febrero de 2013, la Ministra de Salud Pública Carina Vance Mafla acuerda: Aprobar la creación del Hospital General Santo Domingo, de la Ciudad de Santo Domingo, Provincia de Santo Domingo de los Tsáchilas; en el Articulo 2 del mismo Acuerdo se especifica que el establecimiento hospitalario corresponde al Segundo Nivel de Atención y 4° Nivel de Complejidad, con una dotación de 60 camas, con proyección a 120 camas, y una cartera de servicios que incluirá especialidades médico-quirúrgicas con modalidad asistencial en consulta externa, urgencias, centro quirúrgico y hospitalización.
En el mes de octubre de 2013 inicia la gestión del Hospital General Santo Domingo, en una primera etapa se realiza la contratación de seis profesionales del Área Administrativa, nomina que se amplía hasta completar la base de Talento Humano necesario para garantizar el normal desarrollo de las actividades; a partir del 5 de febrero de 2014 este establecimiento empieza a promover sus servicios, inicialmente con el área de Medicina Interna mediante la dotación de 60 camas, el 16 de julio del mismo año, se incrementa el portafolio de servicios con la implementación de Consulta Externa en las especialidades de: Medicina Interna, Cardiología, Psicología, Psiquiatría, Pediatría, Servicios Auxiliares de apoyo terapéutico, Nutrición y Optometría, y en agosto se apertura Hospitalización de Pediatría.
Para el año 2016, el Hospital General Santo Domingo continúa atendiendo a la Población, garantizando el principio de acceso gratuito a la salud, con una proyección orientada a la ampliación de la cobertura y diversificación del servicio.